Lleva a cabo la acción misionera, evangelizadora de presencia y cooperación cristiana fuera del ámbito del Estado Español. Trabaja en coordinación con la Misión Bautista Europea, extendiéndose su labor principalmente por África y Sudamérica, sosteniendo a misioneros españoles en Camerún y Guinea Ecuatorial. El Hospital de Nkoteng ha sido construido con donaciones de los bautistas españoles. En cuanto a Guinea Ecuatorial el Colegio El Buen Pastor en Malabo cuenta con unos 700 niños estudiantes, a muchos de los cuales se les apadrina desde España.